与第一版相比，新版《指南》增加了船舶在境外港口停靠作业时的防范措施和船员换班操作内容，指导航运公司、船舶和船员加强疫情风险评估，最大限度降低疫情传播，做好疫情防控工作，保障船上人员身体健康和航运生产。
国际海事组织对我国编制的船舶船员疫情防控指南高度重视，已于3月18日向全球推荐《船舶船员新冠肺炎疫情防控操作指南(V1.0）》。
该《指南》结合我国航运业防控新冠肺炎疫情的实践，从建立健全防控管理制度、船舶落实防控措施、加强船员个人防护、发现疑似病例应急操作、疑似病例报告、船员心理健康调节、疫情信息查询等几个方面，系统地提出船舶船员防控新冠肺炎疫情操作指导，同时针对客运船舶提出了具体的分区分级防控建议。
国际航行船舶船员持有的《中华人民共和国海船船员适任证书》《中华人民共和国海船船员培训合格证书》，以及正在国际航行船舶上任职的船员持有的《中华人民共和国海船船员健康证明》，有效期截止日期在2020年1月20日至9月30日之间，且受疫情影响船员确实不能正常培训、考试、体检的，证书自有效期截止日期次日起自动展期6个月。其中，《中华人民共和国海船船员健康证明》的展期还须船员本人书面承诺符合船员健康要求，并经本船船长签字确认。
《公告》指出，国内航行海船船员持有的《中华人民共和国海船船员适任证书》《中华人民共和国海船船员培训合格证书》以及内河船舶船员持有的《中华人民共和国内河船舶船员适任证书》《内河船舶船员特殊培训合格证》，有效期截止日期在2020年1月20日至9月30日之间，且受疫情影响船员确实不能正常培训、考试、体检的，证书自有效期截止日期次日起自动延长6个月。
《公告》要求，各航运公司应严格落实安全主体责任，尽量按照正常工作程序安排船舶进行相应检验、审核、检查等，确因疫情影响无法正常安排的，要积极采取安全措施确保船舶航行安全。船员应尽最大可能按照正常程序实现证书再有效或重新取得证书，航运公司应为其提供相应便利。
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